Auf Initiative des Kurvereins Weggis, stellte die Gemeinde Weggis 1906 ein Schulzimmer zur Verfügung, damit auch die protestantischen Kur- und Feriengäste im mehrheitlich katholischen Ort eigene Gottesdienste abhalten konnten. Den auswärtigen Pfarrern wurden die sonntäglichen Dienste mit Ferientagen am schönen Vierwaldstättersee honoriert.
Bereits 1901 hatte der Kurverein die Äufnung eines Fonds für einen eigenen, protestantischen Kirchenbau beschlossen. Im Jahre 1912 konnte ein ansehnlicher Betrag dem „Protestantischen Kapellenbauverein“ übergeben worden, dessen Initiant ein Weggiser Arzt war. Mit Unterstützung des Basler Hilfsvereins, des Kurvereins Weggis und der Politischen Gemeinde wurde im Jahre 1915 der Berner Architekt Indermühle mit den Planungsarbeiten betraut.
Mit einem finanziellen Aufwand von 35’000 Franken konnte die Kirche in den Jahren 1917/18 erbaut und im Juni 1919 eingeweiht werden. Sie blieb stets im Eigentum des Kapellenbauvereins, der späteren „Protestanten-Vereinigung“. Für den Unterhalt ist seit längerer Zeit die Kirchgemeinde Luzern besorgt.
Nach Renovationen 1982/83 und 2004 präsentiert sich die Kirche heute wieder als Schmuckstück der reformierten Kirchgemeinde Luzern. Direkt am Vierwaldstättersee gelegen ist es auch für auswärtige Paare ein beliebter Ort um Hochzeit zu feiern.
